تتنقل القصة بين شخصيات متعددة كما وتتنقل عبر الزمن. فستجد نفسك تلعب بشخصيات مثل آليكس مايسون والسيرجنت فرانك وودز من Black Ops الأولى في مهمات الحرب الباردة، في حين ستلعب بشخصية أبن آليكس: ديفيد في مهمات عام 2025. تتداخل أقدار كل أولئك الجنود مع الشرير راؤول مينديز ومنظمته Cordis Die.
إن مينديز من الأعداء الذين لا يمكنك قتلهم، وتجده دائم الحنق والغضب. المسألة هي أنه ليس عدواً تقليدياً يقوم بأمور سيئة، بل هو شخصية تراجيدية، نتاج لتدخل الدول الإمبريالية خلال الحرب الباردة، وهو ناج من بعض التجارب المؤلمة حقا.ً
